mbi000487
10.3205/mbi000487
urn:nbn:de:0183-mbi0004871
Poster
Die Rechercheplattform PubPharm
The search platform PubPharm
Draheim
Draheim
Christina
C
Technische Universität Braunschweig, Universitätsbibliothek, Universitätsplatz 1, 38106 Braunschweig, DeutschlandTechnische Universität Braunschweig, Universitätsbibliothek, Braunschweig, Deutschland
c.draheim@tu-braunschweig.de
author
Eckweiler
Eckweiler
Denitsa
D
Technische Universität Braunschweig, Universitätsbibliothek, Braunschweig, Deutschland
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Keßler
Keßler
Kristof
K
Technische Universität Braunschweig, Universitätsbibliothek, Braunschweig, Deutschland
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Kroll
Kroll
Hermann
H
Technische Universität Braunschweig, Institut für Informationssysteme, Braunschweig, Deutschland
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Wawrzinek
Wawrzinek
Janus
J
Technische Universität Braunschweig, Institut für Informationssysteme, Braunschweig, Deutschland
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Wulle
Wulle
Stefan
S
Technische Universität Braunschweig, Universitätsbibliothek, Braunschweig, Deutschland
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Balke
Balke
Wolf-Tilo
WT
Technische Universität Braunschweig, Institut für Informationssysteme, Braunschweig, Deutschland
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Stump
Stump
Katrin
K
Technische Universität Braunschweig, Universitätsbibliothek, Braunschweig, Deutschland
author
German Medical Science GMS Publishing House
Düsseldorf
610
pharmacy
specialised information services
PubPharm
machine learning
Pharmazie
Fachinformationsdienste
PubPharm
maschinelles Lernen
Online-Jahrestagung der AGMB 2020
20201222
germ
This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution 4.0 License.
Dieser Artikel ist ein Open-Access-Artikel und steht unter den Lizenzbedingungen der Creative Commons Attribution 4.0 License (Namensnennung).
1865-066X
20
3
GMS Medizin - Bibliothek - Information
GMS Med Bibl Inf
Online-Jahrestagung der AGMB 2020
30
Der Fachinformationsdienst (FID) Pharmazie ist ein DFG-gefördertes Kooperationsprojekt zwischen der Universitätsbibliothek Braunschweig und dem Institut für Informationssysteme (IfIS) der Technischen Universität Braunschweig. Zentraler Dienst im FID Pharmazie ist die frei nutzbare Rechercheplattform PubPharm (https://www.pubpharm.de/). Das Poster bietet einen Überblick über die aktuellen PubPharm-Inhalte und -Funktionen sowie die Entwicklung innovativer Recherchetools am IfIS.
The DFG-funded specialised information service pharmacy is a cooperative project between the University Library Braunschweig and the Institute for Information Systems (IfIS) at Technische Universität Braunsch<![CDATA[w</PlainText></TextGroup>eig. Central service is the freely usable research platform PubPharm (<Hyperlink href="https://www.pubpharm.de/">https://www.pubpharm.de/</Hyperlink>). The poster provides an overview of <TextGroup><PlainText>PubPharm</PlainText></TextGroup> contents and functionalities as well as the development of innovative search tools by the IfIS.</Pgraph></Abstract>
<TextBlock linked="yes" name="Besondere Merkmale von PubPharm">
<MainHeadline>Besondere Merkmale von PubPharm</MainHeadline><Pgraph>PubPharm führt verschiedene, für die Pharmazie relevante Datenquellen in einer Rechercheplattform zusammen und ist grundsätzlich aufgrund der unterschiedlichen Quellen und Funktionen nicht nur für die pharmazeu<TextGroup><PlainText>tisc</PlainText></TextGroup>he Forschung, sondern auch für andere Lebenswissenschaften interessant und nützlich.</Pgraph><Pgraph>PubPharm basiert auf der Open-Source-Software VuFind und ermöglicht aktuell eine Recherche in über 50 Millionen Einträgen <TextLink reference="1"></TextLink>. Neben 30 Millionen Nachweisen aus der Datenbank Medline (PubMed) befinden sich darunter weitere pharmazierelevante Publikationen sowie Artikel aus Fachzeitschriften angrenzender Disziplinen (u.a. der Chemie, Pharmakologie und Toxikologie), tagesaktuelle Preprints aus u.a. bioRxiv, ChemRxiv und medRxiv, fachspezifische Bücher (z.B. E-Books und Dissertationen) und Konferenzschriften. Zudem weist PubPharm Informat<TextGroup><PlainText>ion</PlainText></TextGroup>en zu klinischen Studien aus dem Studienregister <TextGroup><PlainText>ClinicalTrials.gov</PlainText></TextGroup> und einen fachspezifischen Ausschnitt an Patenten des europäischen Patentamtes nach. Die standortabhängige Verfügbarkeitsprüfung zeigt Möglichkeiten für einen direkten Volltextzugriff elektronischer Ressourcen auf. Treffer einer Suchanfrage können über verschiedene Filterfunktionen (z.B. nach Erscheinungsjahr, für die Einschränkung auf systematische Reviews oder aktuelle Publikationen zu COVID-19/SARS-CoV-2) eingegrenzt werden. </Pgraph><Pgraph>Eine Struktursuche inklusive Substruktur- und Ähnlichkeitssuche ergänzt die textbasierte Suchoption. Chemische Verbindungen können dabei anhand einer Namenssuche, SMILES/InChI-Code oder durch Einzeichnen in einen integrierten Struktureditor identifiziert werden. Zu jedem Treffer werden Wirkstoffinformationen u.a. aus PubChem (<Hyperlink href="https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/">https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/</Hyperlink>) und der DrugBank (<Hyperlink href="https://www.drugbank.com/">https://www.drugbank.com/</Hyperlink>) angezeigt. </Pgraph></TextBlock>
<TextBlock linked="yes" name="Innovative Recherchetools">
<MainHeadline>Innovative Recherchetools</MainHeadline><Pgraph>Der FID Pharmazie bietet neue Zugriffspfade zur Literatur an, welche über bislang übliche Keyword-basierte Suchen hinausreichen. Mithilfe von künstlicher Intelligenz, genauer mit neuronalen Netzen, werden pharmazeutische Entitäten und ihre Beziehungen untereinander auf Basis der Forschungsliteratur ermittelt. Die Grundlage bilden dabei Metadaten zu ca. 30 Millionen Publikationen. Der Fokus liegt im FID Pharmazie auf Wirkstoffen, Erkrankungen und Genen. Es konnte gezeigt werden, dass in diesem Zusammenhang nicht nur bekannte Beziehungen zwischen Entitäten von den künstlichen neuronalen Netzen gelernt, sondern auch Wirkstoff-Erkrankungs-Beziehungen vorhergesagt werden können <TextLink reference="2"></TextLink>. Um komplexe Beziehungen besser interpretieren zu können, erfolgt die Visualisierung in Netzwerkansichten. Aus dieser Forschungstä<TextGroup><PlainText>ti</PlainText></TextGroup>gkeit am IfIS ist bereits ein Webservice in PubPharm eingegangen: So werden bei der Suche nach einem Wirkstoff oder einer Erkrankung/einem Symptom Vorschlagslisten verwandter, kontextähnlicher Substanzen, Erkrankungen/Symptome und Gene generiert. Die Darstellung der Entitäts-Beziehungen in Netzwerkansichten befindet sich gerade im Beta-Stadium und wird unter Verknüpfung mit weiterführenden Informationen und Suchfunktionalitäten als ein weiterer Service in PubPharm integriert.</Pgraph></TextBlock>
<TextBlock linked="yes" name="Anmerkung">
<MainHeadline>Anmerkung</MainHeadline><Pgraph>Das Poster sehen Sie in Anhang 1 <AttachmentLink attachmentNo="1"/>.</Pgraph></TextBlock>
<TextBlock linked="yes" name="Interessenkonflikte">
<MainHeadline>Interessenkonflikte</MainHeadline><Pgraph>Die Autoren erklären, dass sie keine Interessenkonflikte in Zusammenhang mit diesem Artikel haben.</Pgraph></TextBlock>
<References linked="yes">
<Reference refNo="1">
<RefAuthor>Draheim C</RefAuthor>
<RefAuthor>Keßler K</RefAuthor>
<RefAuthor>Wulle S</RefAuthor>
<RefTitle>PubPharm – die Rechercheplattform</RefTitle>
<RefYear>2019</RefYear>
<RefJournal>PZ Prisma</RefJournal>
<RefPage>68-74</RefPage>
<RefTotal>Draheim C, Keßler K, Wulle S. PubPharm – die Rechercheplattform. PZ Prisma. 2019;26(2):68-74.</RefTotal>
</Reference>
<Reference refNo="2">
<RefAuthor>Wawrzinek J</RefAuthor>
<RefAuthor>González Pinto JM</RefAuthor>
<RefAuthor>Balke WT</RefAuthor>
<RefTitle>Linking Semantic Fingerprints of Literature – from Simple Neural Embeddings Towards Contextualized Pharmaceutical Networks</RefTitle>
<RefYear>2019</RefYear>
<RefBookTitle>Digital Libraries for Open Knowledge. International Conference on Theory and Practice of Digital Libraries TPDL 2019</RefBookTitle>
<RefPage></RefPage>
<RefTotal>Wawrzinek J, González Pinto JM, Balke WT. Linking Semantic Fingerprints of Literature – from Simple Neural Embeddings Towards Contextualized Pharmaceutical Networks. In: Doucet A, Isaac A, Golub K, Aalberg T, Jatowt A, editors. Digital Libraries for Open Knowledge. International Conference on Theory and Practice of Digital Libraries TPDL 2019. (Lecture Notes in Computer Science; 11799). Cham: Springer; 2019. DOI: 10.1007/978-3-030-30760-8_3</RefTotal>
<RefLink>https://doi.org/10.1007/978-3-030-30760-8_3</RefLink>
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